Slovenski narodnoosvobodilni svet je jeseni 1944 reorganiziral mrežo odborov Osvobodilne fronte in ustanovil okrožje Ljutomer, ki je obsegalo Pomurje z okrajem Ormož. Vojna se je bližala koncu in prodiranje Rdeče armade preko Madžarske je nakazovalo, da bo ta najprej dosegla Prekmurje. Za slovenske narodne interese je bilo pomembo, da tukaj še pred tem vzpostavijo dovolj močno osvobodilno organizacijo, ki bo prevzela oblast. Del načrta je bila ustanovitev oborožene partizanske enote. Konec januarja 1945 so v Motvarjevcih ustanovili Prekmursko partizansko četo, ki je marca opravila pohod preko Goričkega do Porabja in tako nakazala območje, ki ga nameravajo obvladovati. Prekmurje je bilo v tem času polno beguncev iz vzhodne Madžarske in umikajočih se enot nemške armade z Balkana. Enote Rdeče armade so zadnjega marca dosegle Porabje in severne predele Prekmurja, kjer so se v Hodošu 1. aprila 1945 srečali s skupino borcev Prekmurske čete. Ti so nato z njimi 3. aprila prišli v Mursko Soboto, ki je umikajoča madžarska in nemška vojska nista branili. Po osvoboditvi Lendave in neuspešnem poskusu preboja nemške obrambe ob reki Muri je del Rdeče armade prebil nemško obrambo na Kučnici in nadaljeval prodiranje v Avstrijo. Del enot je nadaljeval s forsiranjem Mure, kjer se je fronta zadržala vse do konca vojne. Postavili so komando mesta Murska Sobota, ki je bila pristojna za celotno pokrajino in je delovala do 16. maja, ko so zadnji sovjetski vojaki zapustili Prekmurje. Borci Prekmurske čete so sledili gibanju Rdeče armade, vzpostavljali so t. i. komand mest v osvobojenih krajih, organizirali so Prekmursko vojno območje na čelu katerega je bil komandant čete Filip Korošec in začeli izdajati lastne dokumente z oznako NOV in PO Slovenije. Poleg vojaške organizacije so postavljali tudi krajevne odbore OF katerih pomembna naloga je bila usklajevanje akcij z Rdečo armado. Najpomembnejša je bila evakuacija prebivalcev vasi ob Muri. 8. aprila 1945 je iz Beograda preko Madžarske prispela v Prekmurje delegacija predsedstva Slovenskega narodnoosvobodilnega sveta v kateri so bile pomembne osebe slovenskega osvobodilnega gibanja s sodelavci. Ti so prevzeli že organizirano vojaško in civilno upravo. Poleg okrajnih odborov OF (pozneje ljudskih odborov), so ustanovili Komisijo za ugotavljanje zločinov okupatorjev in njihovih pomagačev in Komisijo za upravo narodne imovine ter postavili Vojaško sodišče za Prekmurje in Štajersko, ki je izreklo prve sodbe z usmrtitvami. Organizirali so preskrbo prebivalstva in vojske, zagnali proizvodnjo v industrijskih obratih in pouk v osnovnih šolah, ustanovili množične organizacije, sprejeli sklep o gradnji skupne grobnice za padle sovjetske vojake, začeli izdajati časopis Novi čas in poleg drugega do 7. maja 1945 opravili mobilizacijo v Prekmurko brigado, ki je sodelovala v zaključnih vojaških operacijah proti nemški vojski na Slovenskih tleh.