Raziskava je temeljila na predhodno oblikovani zbirki podatkov o žrtvah druge svetovne vojne in neposredno po njej, ki je nastajala na temelju pregleda relevantne literature in arhivskih virov. S postopkom verificiranja podatkov iz te zbirke na podlagi sistematičnih pregledov mrliških in delno tudi rojstnih matičnih knjig so bili predhodno zbrani podatki potrjeni, dopolnjeni, korigirani ali ovrženi. V številnih primerih so bile ugotovljene nove žrtve, iz seznama žrtev so bile izločene osebe, za katere je pregled matičnih knjig izkazal, da so vojno dejansko preživele, izločeni so bili tudi t. i. dvojniki. Preveriti je bilo mogoče okoli 60 % oseb s sedanjega seznama žrtev, za ostale vpisi smrti v mrliške knjige niso bili izvedeni oziroma jih ni bilo mogoče ugotoviti (npr. v primerih, ko vzrok smrti ni razviden). Verifikacija podatkov se je potrdila kot pomemben raziskovalni postopek v smeri prizadevanj za čim bolj natančno ugotovitev dejanskega števila žrtev ter njihove natančne identifikacije. Pridobljeni so bili pomembni novi podatki za nekatere kategorije žrtev, o katerih so bili predhodno zbrani podatki zelo pomanjkljivi.

Izvajanje projekta je bilo v veliki meri vezano na terensko delo, tj. pregledovanje matičnih knjig na matičnih in krajevnih uradih. Projektna skupina je na različnih območjih Slovenije v zadevnem projektnem obdobju pregledala matične knjige na 31 upravnih enotah, s čimer je zaključen pregled knjig na vseh 58 upravnih enot RS. Opravila je 381 dni dela na terenu, v ostalem pa je podatke iz digitalnih posnetkov vnašala v računalniško bazo Smrtne žrtve med prebivalstvom na območju Republike Slovenije med drugo svetovno vojno in neposredno po njej. Podatke o osebah, ki so bile preverjene po matičnih knjigah, postopoma objavlja na spletni strani www.sistory.si, kjer so trenutno objavljeni podatki za 50.870 žrtev 2. svetovne vojne in zaradi nje.

Analiza zbranih podatkov izkazuje, da sodi Slovenija v evropskih primerjavah med visoko prizadeta območja, v nekdanjem jugoslovanskem okviru pa se glede prizadetosti umešča v jugoslovansko povprečje. Na seznam smrtnih žrtev je trenutno uvrščenih 97.697 oseb, katerih smrt je povezana z nasilnimi vojnimi in povojnimi dogodki, kar predstavlja 6,5 % izgubo celotne populacije. Historični procesi so s stališča izgub človeških življenj bili najbolj radikalni v Ljubljanski pokrajini, saj so povzročili 9,5 odstotno populacijsko izgubo, najmanj pa v Prekmurju z 1,9 odstotno izgubo prebivalstva. Najvišje število smrtnih žrtev je zakrivil nemški okupator, sledi mu partizansko-revolucionarni tabor. Glede na ugotovljene vojne statuse so najvišje število smrtnih žrtev utrpeli pripadniki partizanskih enot in civilno prebivalstvo.