Ob okupaciji so Nemci aprila 1941 v Uradu pooblaščenca državnega komisarja za
utrjevanje nemštva na Bledu ustanovil referat za arhive, knjižnice in muzeje, za
katerega je bil zadolžen dr. Karel Starzachcr. Zaposlitev pri zaščiti arhivov je ponudil
dr. Žontarju, ki jo je ne brez pomislekov sprejel. V Kranju so ustanovili centralni
matični urad, kjer so zbirali matične knjige iz župnišč, poskrbeli za zavarovanje
cerkvenih arhivalij in drugih dragocenih zbirk. Reševali so tudi slovenske knjige iz
knjižnic. Arhiv so marca 1942 spremenili v podružnico Državnega pokrajinskega
arhiva v Celovcu. S koncem vojne, ko je podružnica prenehala, je dr. Žontar izročil
gradivo lastnikom, oziroma pristojnim državnim oblastem, za kar je prejel zase in
sodelavce obilo priznanj in zahval.